Ezzel együtt a 25. percben - némileg váratlanul - meszerezte a Milan a vezetést. Egy francia labdavesztés után a holland Clarence Seedorf adott be balról, Filippo Inzaghi pedig a védők gyűrűjéből kiemelkedve gyönyörűen a kapu bal sarkába bólintotta a labdát (1-0).

Sokáig nem örülhetett a San Siro 78 ezres közönsége, hiszen hat perc múlva jött az egyenlítés. A brazil Juninho Pernambucano szabadrúgása után a kapu előtt a lyoniak előbb egymást zavarták a fejelésben, de a lepattanó labdára a mali válogatott Mahamadou Diarra eszmélt a leggyorsabban és közelről a kapu jobb oldalába fejelt (1-1).

A szünet előtt kishíján a vezetést is megszerezte a francia bajnokcsapat: Juninho bal oldali szabadrúgása után a honfitárs Fred fejelt a fel sem ugró Alessandro Costacurta mellől 10 méter távolságból, de a labda a bal oldali kapufát találta el és onnan elhagyta a játékteret.

A második félidő elején főleg mezőnyjáték folyt a pályán, egyik fél sem mert kockáztatni. Carlo Ancelotti, a Milan mestere a 78. percben Paolo Maldinit is becserélte, a Gennaro Gattuso helyére érkező védő a 158. európai kupameccsén lépett így pályára.

Az utolsó percben még továbbjutásra álló vendégek négy perc alatt összeomlottak. Előbb az ukrán Andrij Sevcsenko kétkapufás lövését kotort a hálóba közvetlen közelről a brazil Kaka, majd 2004 aranylabdása egy remek szóló után maga volt eredményes.

A Villarreal a Juventus-Arsenal, a Milan a Barcelona-Benfica párharc továbbjutójával mérkőzik a döntőbe jutásért.

Bajnokok Ligája, negyeddöntő, visszavágó:
AC Milan (olasz)-Olympique Lyon 3-1 (1-1)
tj: Milan, 3-1-el.
gólszerző: Inzaghi 25., Kaka 89., Sevcsenko 90+3., ill. Diarra 31.
VILLARREAL 1–0 INTER 
Villarreal
V: Vasszarasz (görög). G: Arruabarrena (58.)
VILLARREAL: Viera – Javi Venta, Quique Álvarez, Pena, Arruabarrena – Tacchinardi, Marcos Senna, Riquelme, Sorín (Josico, 78.) – José Mari (Franco, 78.), Forlán (Calleja, 90.)
INTERNAZIONALE: Toldo – J. Zanetti, Materazzi, Samuel, I. Córdoba – Figo (Mihajlovics, 75.), Verón (J. Cruz, 85.), Cambiasso, D. Sztankovics – Adriano, Recoba (Martins, 56.)
Továbbjutott: a Villarreal, 2–2-vel, idegenben szerzett góllal

Noha a Villarreal pályája, az El Madrigal mindössze huszonháromezer néző befogadására alkalmas, a stadionban félelmetes hangulat várta a kedvenceket és persze az Internazionalét. A felfokozott hangulat érthető volt, hiszen a hazaiak egy gólra álltak az elődöntőtől a kezdő sípszó előtt.
A színe alapján „sárga tengeralattjárónak” becézett Villarreal rögtön letámadta az Intert, az első lövést pedig ki más, mint a csapat motorja, Juan Román Riquelme eresztette meg – a labda útjába Marco Materazzi tette bele a lábát. Nem sokkal később érkezett a milánóiak válasza Alvaro Recoba révén: az uruguayi szabadrúgása a sorfalban halt el.
Szinte tapintható volt a feszültség a pályán, Juan Sebastian Verón és Juan Pablo Sorín például annak ellenére kakaskodott egy sort, hogy honfi- és válogatottbeli társak.

Azért a futballal is törődtek a felek – José Mari fejessel jelentkezett (az más kérdés, hogy a játékvezető utólag érvénytelenítette a lehetőséget az andalúz csatár szabálytalansága miatt), Marcos Senna a szokásos bombáival riogatta Francesco Toldót, Rodolfo Arruabarrena és Riquelme is megpróbálkozott egy-egy távoli lövéssel –, viszont igazán veszélyes szituációt nem lehetett feljegyezni.

A hajrában, Dejan Sztankovics szabálytalansága után, ígéretes pozícióból lőhetett szabadrúgást a hazai gárda, Riquelme azonban a sorfalba bombázott. Az argentin támadó kidolgozott még egy helyzetet a szünet előtt, ám hiába fűzte át magát a fél Inter-védelmen, lövése célt tévesztett, csakúgy, mint a játékrész utolsó mozzanata, Alessio Tacchinardi fejese.

A második játékrész Villarreal-akcióval indult, ám hiába játszotta meg Marcos Senna a legjobb ütemben José Marit, a csapattárs lövését Toldo hatástalanította. Riquelme sem váratott sokat magára, egészséges lövésének szintén a milánóiak kapusa állta útját.
A két spanyol helyzet között Sztankovics előtt is adódott lehetőség Arruabarrena rosszul kifejelt labdájából, a szerb viszont nem élt vele. Természetesen Riquelme következett – az argentin minden pozícióból lőtt, ezzel a csapattársak néha nem értettek egyet, mert a kapuba nem talált be.Nem úgy Arruabarrena, igaz, az argentin bekk Riquelme paszszát váltotta gólra az 58. percben! A Spanyolországba interesként először visszatérő Figo szabálytalankodása után ívelt középre Riquelme, Arruabarrena pedig az ütemkéséssel kimozduló Toldót megelőzve, a kapunak háttal felugorva fejelte a hálóba a labdát.

A gól érezhetően összezavarta az Intert, a Villarreal pedig nem állt le: Diego Forlán, Marcos Senna, az elnyűhetetlen Riquelme, sőt, még a középhátvéd, Pena előtt is adódott gólszerzési lehetőség – kihasználatlanul. A vendégek csak negyedórával a lefújás előtt dolgoztak ki lehetőséget, akkor azonban a frissen beálló Obafemi Martins váratlanul Sebastián Viera kapusnak ajándékozta a labdát.
A véghajrára hatalmas Inter-nyomást lehetett volna várni, ám a kék-feketék teljesen összezavarodva kergették a labdát, és végül örülhettek, hogy nem kaptak még egy gólt.
Persze elég büntetés számukra, hogy így is kiestek.